Godine 1563. Turci su srušili samostan i crkvu, a franjevci su bili primorani bježati u Zaostrog. Iz Zaostroga i Živogošća su punih 130 godina pastorizirali svoje vjernike u ljubuškom kraju i diljem Hercegovine. Nakon 1699. turske vlasti zabranjuju pastoriziranje franjevcima, pa brigu o vjernicima preuzimaju fratri iz kreševskog samostana. Tako je bilo sve do 1843. godine, kada su se osmorica franjevaca rodom iz Hercegovine sastala u župnom stanu u Posušju i zatražila dopuštenje da u svojoj rodnoj Hercegovini osnuju samostan. Njihov plan je podržao apostolski vikar fra Rafo Barišić, a Rim potvrdio i 6. veljače 1844. godine dao dopuštenje za osnivanje samostana u Hercegovini. Prvi samostan je sagrađen na Širokom Brijegu (1846. godine), a 1852. franjevačka zajednica u Hercegovini dobiva svoju samostalnost.
Nakon izgradnje širokobriješkog samostana, franjevci su osjetili da će za život njihove zajednice biti malo jedan samostan, pa su odlučili sagraditi drugi i to na Humcu kod Ljubuškoga. Temeljni kamen novoga samostana blagoslovio je apostolski vikar fra Anđeo Kraljević 4. travnja 1867. god. Gradnja samostana trajala je desetak godina, a vodio ju je fra Nikola Šimović. U novi samostan, koji je dekretom generala Reda bio priznat 1876. godine, smješten je novicijat Hercegovačke franjevačke kustodije. Uprava Kustodije je odlučila na Humcu sagraditi sjemenište za odgoj mladih franjevaca. Kupila je zemljište za koje je dala 7.000 forinti da bi gradnja započela i dobro napredovala te je sjemenište završeno 1871. godine. Sjemenište nije moglo biti bez crkve pa je 1866. kupljen prostor kraj župne kuće za gradnju crkve. Nakon dobivanja sultanova fermana, počela je gradnja župne crkve koja je dovršena 1869. godine. Od 1871. pa sve do 1903. godine na Humcu su bili viši razredi franjevačke srednje škole i prve godine filozofsko-teološkog studija.
Samostani su uvijek središta i žarišta jačeg, obuhvatnijeg pastoralnog rada. Izgrađujući samostan na Humcu fratri su htjeli da on postane ne samo duhovno i vjersko nego i odgojno središte za nepismeni puk. Stoga su u prostorijama stare kuće otvorili 1867. pučku školu koja je radila sljedećih petnaestak godina. Humački fratri su, nadalje, mnogo učinili da na Humac dođu sestre Milosrdnice koje su 1898. najprije otvorile mješovitu osnovnu, a zatim i obrtnu žensku školu. U prostorijama samostana 1916. godine je otvorena Hrvatska seljačka škola za odrasle.
Nastavak gradnje samostana bio je 1895. godine kada je porušena stara kuća i na njenom mjestu napravljeno istočno krilo samostana. Samostan se postupno proširivao kroz sljedeća desetljeća. Južno samostansko krilo dao je graditi provincijal fra Mate Čuturić. Temelji su započeti 1935. godine. Krilo je zidano marljivo i bilo brzo dogotovljeno. Tijekom drugog svjetskog rata taj dio je potpuno izgorio. Zapadno samostansko krilo napola je porušeno dok je istočno krilo bilo teško oštećeno. U takvim uvjetima novicijat je premješten u Kraljevu Sutjesku (1946. - 1947. i 1951. - 1959. godine). Godine 1959. novicijat je ponovo vraćen u humački samostan gdje se nalazi i danas. Od 1958. do 1961. godine obnovljeno je južno i temeljito popravljeno najstarije, istočno krilo samostana.
Zapadno krilo je, zbog nefunkcionalnosti, porušeno do temelja i od 1965. do 1967. godine izgrađeno na potpuno novim temeljima. Od 1974. do 1975. godine preuređena je unutrašnjost južnog krila, a od 1979. do 1981. potpuno je obnovljeno istočno krilo samostana.
Radovi na obnovi samostana sustavno su nastavljeni u razdoblju od 1991. do 1994. godine. Tada je temeljito preuređen prvi kat zapadnog krila (novicijat), a podignut je još jedan kat gdje je 1994. godine smješteno sjemenište. Zapadno od samostana nalazi se preuređeni vrt s prostorijama za rekreaciju, obnovljena Gospina spilja i 160 metara duga staza za šetnju i molitvu.
Početkom novog tisućljeća temeljito je obnovljen klaustar samostana. Obnovljena je klaustarska čatrnja, dovedena voda i riješena kanalizacija. Koncem 2003. i početkom 2004. godine preuređeno je prizemlje zapadnog krila samostana. U jednom dijelu je smještena novouređena knjižnica a u drugom galerija. Od većih zahvata na samostanu valja spomenuti stavljanje novog krova na južno krilo 2000. godine.
U zapadnom dijelu samostana uređena je višenamjenska dvorana sv. Ante koja može primiti oko 120 osoba. Uglavnom služi za održavanje tečajeva priprave za kršćansku ženidbu, svećeničkih i redovničkih zasjedanja, vjerskih tribina i različitih sastanaka. U samostanu se nalazi novouređena knjižnica s preko 20.000 primjeraka. Nabavljene su nove police za knjige koje ih štite od vlage i topline.
U samostanu je 25. ožujka 1884. godine otvorena prva javna muzejska zbirka u Bosni i Hercegovini.
Franjevački muzej na Humcu je najstarija muzejska zbirka u Bosni i Hercegovini. Danas je smješten u temeljito obnovljeni podrum istočnog samostanskog krila.
franjevci-humac.net / Bolji Ljubuški
